中铁上海设计院集团有限公司南京设计院（简称南京院），是一家历史较长，重组而成的企业。前身是南京铁路勘测设计院，始建于1981年，2008年12月25日，从上海铁路局剥离，整体划入中铁上海设计院集团有限公司，组建成南京院，并于2009年3月16日挂牌成立，作为集团公司的分公司，自主经营、自我发展。
作为一个有30多年历史的国有企业，经过几代人多年的努力，逐步形成了自己的业务品牌和稳固的市场，近5年来，单位的经济效益以每年25%的速度快速增长。